Öppen läsram (ORF)

Begreppet öppen läsram kommer från engelskans Open Reading Frame, ofta förkortat ORF. En öppen läsram är en del av en gen där koden kan läsas av cellen i en obruten följd av tripletter, så kallade kodon, utan att ett stoppkodon dyker upp för tidigt. Varje kodon består av tre kvävebaser, och tre baser i taget motsvarar antingen en aminosyra eller en signal om att översättningen ska börja eller sluta.

För att förstå varför ramen är viktig kan man tänka sig DNA-sekvensen som en lång rad bokstäver utan mellanrum. Beroende på var man börjar läsa, och i vilken av de tre möjliga lägena, får orden helt olika betydelse. Detta kallas läsram. En öppen läsram inleds normalt med startkodonet ATG, som även kodar för aminosyran metionin, och avslutas med ett av stoppkodonen TAA, TAG eller TGA.

Ett konkret exempel: tänk dig sekvensen ATG-GCA-TTT-TGA. Här fungerar ATG som start, GCA och TTT kodar för var sin aminosyra, och TGA är ett stoppkodon. Mellan start och stopp finns en obruten, alltså öppen, läsram. Skulle man av misstag börja läsa en bas för tidigt eller för sent förskjuts hela ramen, och sekvensen ger då en helt annan, oftast meningslös, kedja av kodon.

Inom genetik och bioinformatik används öppna läsramar för att leta efter gener i okänt DNA. När forskare sekvenserar ett genom söker datorprogram automatiskt efter långa öppna läsramar, eftersom dessa ofta markerar var en proteinkodande gen kan finnas. En riktigt lång ORF är sällan en slump och pekar ofta på en funktionell gen.

För släktforskare och den som tar ett DNA-test är begreppet mest relevant som bakgrundskunskap. Det förklarar hur cellens maskineri faktiskt tolkar arvsmassan och varför vissa mutationer får stora konsekvenser. En förändring som flyttar läsramen, en så kallad ramförskjutning, kan göra att ett helt protein blir felaktigt, medan ett byte av en enda bas ibland inte påverkar något alls.